Πολλά ερωτηματικά γύρω από το έργο συντήρησης των τρούλων του Αγίου Θεράποντα προκαλεί η εισροή βροχινων νερών από δύο σημεία μέσα στο ναό γεγονός που προκάλεσε την παρέμβαση του ιερέα πατρός Αθανασίου ο οποίος δημόσια διατυπώνει τον προβληματισμό του.
Η εισροή του νερού καταγράφεται σε δύο σημεία του Ναού συγκεκριμένα στον γυναικωνίτη, ενώ το έργο βρίσκεται υποτίθεται στα τελειώματα ενώ υποτίθεται και αυτό η μελέτη προέβλεπε τις αναγκαίες παρεμβάσεις για την αποτροπή διάβρωσης από το νερό της βροχής στο ναό.
