Την Πέμπτη θα πραγματοποιηθεί η κλήρωση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών ομάδων όλων των Ενώσεων, με τον Διαγόρα να δηλώνει κανονικά συμμετοχή, αν και αυτή είναι προαιρετική. Οι αγώνες του Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων διεξάγονται, από τη 2η φάση της διοργάνωσης μέχρι και τον Τελικό Αγώνα, με το σύστημα μονών αγώνων αποκλεισμού. Σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος εφαρμόζεται η διαδικασία που προβλέπεται από την διάταξη της παρ. 9 του άρθρου 20 του Κ.Α.Π. Ερασιτεχνικών Ομάδων.
Η ομάδα που κληρώνεται πρώτη είναι γηπεδούχος. Οι ομάδες που θα προκριθούν από τους αγώνες της 1ης φάσης διαχωρίζονται σε 9 ομίλους με γεωγραφικά, κατά προτεραιότητα, κριτήρια για οικονομικούς λόγους ως εξής:
-1ος όμιλος: Έβρος, Θράκη, Ξάνθη, Καβάλα, Δράμα, Σέρρες
-2ος όμιλος: Χαλκιδική, Μακεδονία, Κιλκίς, Ημαθία, Πέλλα, Φλώρινα
-3ος όμιλος: Κοζάνη, Καστοριά, Γρεβενά, Ήπειρος, Θεσπρωτία, Κέρκυρα
-4ος όμιλος: Πιερία, Λάρισα, Τρίκαλα, Καρδίτσα, Φθιώτιδα, Θεσσαλία
-5ος όμιλος: Πρέβεζα, Άρτα, Αιτωλοακαρνανία, Ευρυτανία, Φωκίδα, Βοιωτία
-6ος όμιλος: Λακωνία, Αρκαδία, Αργολίδα, Δυτ. Αττική, Ανατ. Αττική, Εύβοια
-7ος όμιλος: Κεφαλληνία-Ιθάκη, Ζάκυνθος, Μεσσηνία, Ηλεία, Αχαΐα, Κορινθία
-8ος όμιλος: Αθήνα, Πειραιάς, Λέσβος, Σάμος, Χίος, Δωδεκάνησα, Κυκλάδες
-9ος όμιλος: Ηράκλειο, Λασίθι, Ρέθυμνο, Χανιά
Οι κυπελλούχοι του 8ου Όμιλου:
-ΕΠΣ ΧΙΟΥ: Ηρακλής Θυμιανών
-ΕΠΣ ΚΥΚΛΑΔΩΝ : A.O. Παναξιακός-Α.Ο. Σύρου
-ΕΠΣ ΛΕΣΒΟΥ: Διαγόρα Αγίας Παρασκευής
-ΕΠΣ ΣΑΜΟΥ: ΑΓΣ Διαγόρας Ραχών Ικαρίας – ΑΨΕΣ Πυθαγόρας Κοντακαιίκων
-ΕΠΣ ΔΩΔΕΚΑΝΗΣΟΥ: Γ.Σ. Διαγόρας
-ΕΠΣ ΑΘΗΝΩΝ: Α.Σ.Σούρμενων
-ΕΠΣ ΠΕΙΡΑΙΑ: ΠΟ Κερατσίνι – Αετός Κορυδαλλού
Οι αγώνες του Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων, περιόδου 2016-2017, θα διεξαχθούν σε 7 αγωνιστικές, ως ακολούθως:
-1η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 05-04-2017
-2η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 12-04-2017
-3η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 19-04-2017
-4η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 26-04-2017
-5η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 03-05-2017
-6η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 10-05-2017
-7η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Σάββατο 20-05-2017 Τελικός Αγώνας
1η αγωνιστική
Ο 8ος όμιλος θα δώσει 3 αγώνες και μία ομάδα θα εξαιρεθεί και θα περάσει στον επόμενο γύρο χωρίς αγώνα.
2η αγωνιστική
Οι νικήτριες ομάδες της 1ης αγωνιστικής θα αγωνισθούν ως εξής:
Ο 8ος και 9ος όμιλος θα δώσουν 2 αγώνες.
3η αγωνιστική
Οι ομάδες που θα προκριθούν από τη 2η αγωνιστική θα αγωνισθούν σε 1 αγώνα για κάθε όμιλο.
4η αγωνιστική
Από τις 9 νικήτριες ομάδες όλων των ομίλων της 3ης αγωνιστικής θα κληρωθούν 2 ομάδες που θα αγωνισθούν μεταξύ τους σε ένα αγώνα, ενώ θα εξαιρεθούν οι υπόλοιπες 7 και θα περάσουν στον επόμενο γύρο χωρίς αγώνα.
5η αγωνιστική
Οι 8 ομάδες που θα προκριθούν από την 4η αγωνιστική (η μία νικήτρια και οι 7 που εξαιρέθηκαν) θα αγωνισθούν σε 4 αγώνες.
6η αγωνιστική – Ημιτελικοί αγώνες
Οι 4 νικήτριες ομάδες που θα προκριθούν από την 5η αγωνιστική θα αγωνισθούν σε 2 αγώνες.
Τελικός αγώνας
Οι νικήτριες ομάδες των δύο ημιτελικών αγώνων θα συμμετέχουν στον Τελικό Αγώνα Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων. Ο τελικός αγώνας θα διεξαχθεί σε γήπεδο που θα οριστεί από την Επιτροπή. Όλοι οι πιο πάνω αγώνες θα καθορισθούν με μία κλήρωση που θα γίνει πριν την έναρξη της 2ης φάσης του Κυπέλλου και θα έχει ως βασικό κριτήριο την γεωγραφική κατανομή των Ομάδων, για οικονομικούς λόγους. Η ημερομηνία της κλήρωσης είναι η Τρίτη 28-03-2017.
Το bonus του νικητή
Η νικτρια ομάδα της διοργάνωσης προβιβάζεται στη Γ΄ Εθνική Κατηγορία για την αγωνιστική περίοδο 2017/2018, εφόσον δεν είναι πρωταθλήτρια της ανώτερης κατηγορίας της οικείας Ε.Π.Σ. Αν είναι πρωταθλήτρια, τότε στη Γ΄ Εθνική Κατηγορία προβιβάζεται η φιναλίστ της διοργάνωσης, εφόσον και αυτή δεν είναι πρωταθλήτρια της ανώτερης κατηγορίας της οικείας Ε.Π.Σ. Σε κάθε άλλη περίπτωση η ειδική αυτή διάκριση της διοργάνωσης δεν ισχύει, ούτε μεταφέρεται σε άλλη ομάδα, πλην των δύο φιναλίστ.
